Учреждение обязано предоставить работнику налоговый вычет начиная с того месяца, в котором сотрудник подтвердил свое право на него. Заявление на вычет нужно принять, даже если оно подано в последний день месяца. Если же НДФЛ рассчитан без учета такого заявления, потом придется пересчитать налог и вернуть переплату.
Источник: Письмо Минфина России от 27.06.2014 N 03-04-05/31208