Если товар отгружен в последний день квартала и счет-фактура направлен оператору электронного документооборота в следующем квартале, такой документ регистрируется в книге продаж в периоде отгрузки, а в журнале учета полученных и выставленных счетов-фактур - в следующем квартале.
Источник: Письмо ФНС России от 28.07.2014 N ЕД-4-2/14546